全國青少年科技創新大賽是由兩個部分組成的：全國青少年科技創新大賽和全國青少年生物和環境科學實踐活動。全國青少年生物和環境科學實踐活動原名為“生物百項活動”，開始于1989年，由中國科協、教育部、國家環保總局和國家自然科學基金委員會主辦，每兩年一屆，至今已經舉辦了六屆。在已經舉辦的十屆全國青少年發明創造比賽和科學討論會中，有近2400名中小學生直接赴舉辦地參加了全國總評活動，共有近2000項青少年發明作品和1000多篇青少年學生撰寫的論文獲獎。

　　全國青少年科技創新大賽是全國青少年科技活動領導小組（由中國科協、教育部、共青團中央、全國婦聯、國家體育總局領導組成）和國家自然科學基金委員會共同主辦的。現已成為全國青少年科技活動序列中一項具有示范性和導向性的“重點工程”，受到了政府有關部門、科技界和教育界、學生和家長的普遍歡迎。它的基礎是建立在中小學校、各級青少年科技中心和少年宮里形式多樣的“發明活動小組”、“小發明俱樂部”、“青少年發明學校”、“青少年發明愛好者協會”。每年大約有1500萬中小學生參加活動。

　　為適應時代的發展，使21世紀青少年科技教育活動更加適應未來后備人才培養的需要，更大限度地發揮現有教育資源的作用。全國青少年科技活動領導小組決定，從2002年開始，將“全國青少年生物和環境科學實踐活動”（已舉辦6屆）與“全國青少年科技創新大賽（已舉辦10屆）”進行整合，屆數相加，命名為“全國青少年科技創新大賽”，并于2002年舉辦第17屆。