過了不久，又有一個京里派出的御史鄢懋卿（鄢音ｙāｎ，懋音ｍàｏ）被派到浙江視察。鄢懋卿是嚴嵩的干兒子，敲榨勒索的手段更狠。他到一個地方，地方官吏要是不“孝敬”他一筆大錢，他是不肯放過的。各地官吏聽到鄢懋卿要來視察的消息，都犯了愁。但是鄢懋卿偏又要裝出一副奉公守法的樣子，他通知各地，說他向來喜歡簡單樸素，不愛奉迎。

　　海瑞聽說鄢懋卿要到淳安，給鄢懋卿送了一封信去，信里說：“我們接到通知，要我們招待從簡。可是據我們得知，您每到一個地方都是大擺筵席，花天酒地。這就叫我們為難啦！要按通知辦事，就怕怠慢了您：要是像別地方一樣鋪張，只怕違背您的意思。請問該怎么辦才好。”

　　鄢懋卿看到這封信揭了他的底，直惱得咬牙切齒。但是他早聽說海瑞是個鐵面無私的硬漢，又知道胡宗憲的兒子剛在淳安吃過大虧，有點害怕，就臨時改變主意，繞過淳安，到別處去了。

　　為了這件事，鄢懋卿對海瑞懷恨在心，后來，指使他的同黨在明世宗面前狠狠告了海瑞一狀，海瑞終于被撤了淳安知縣的職務。

　　到嚴嵩倒了臺，鄢懋卿也被充軍到外地，海瑞恢復了官職，后來又被調到京城。

　　海瑞到了京城，對明世宗的昏庸和朝廷的腐敗情況，見得更多了。那時候，明世宗已經有二十多年沒有上朝，他躲在宮里一個勁兒跟一些道士們鬼混。一些朝臣誰也不敢說話。海瑞雖然官職不大，卻大膽寫一道奏章向明世宗直諫。他把明王朝造成的腐敗現象痛痛快快地揭露出來。他在奏章上寫道：“現在吏貪官橫，民不聊生。天下的老百姓對陛下早就不滿了。”

　　海瑞把這道奏章送上去以后，自己估計會觸犯明世宗，可能保不住性命。回家的路上，順道買了一口棺材。他的妻子和兒子看到全嚇呆了。海瑞把這件事告訴了親人們，并且把他死后的事一件件交代好，把家里的仆人也都打發走了，準備隨時被捕處死。

　　果然，海瑞這道奏章在朝廷引起了一場轟動。明世宗看了，又氣又恨，把奏章扔在地上，跟左右侍從說：“快把這個人抓起來，別讓他跑了！”

　　旁邊有個宦官早就聽到海瑞的名聲，跟明世宗說：“這個人是個出名的書呆子，他早知道觸犯了陛下活不成，把后事都安排了。我看他是不會逃走的。”

　　后來，明世宗還是下命令把海瑞抓了起來，交給錦衣衛嚴刑拷問：直到明世宗死去，海瑞才得到釋放。